一九五二年沈阳农学院建院，建院初期，设有农田水利系，只有本科一年级学生，系主任张季高教授。当时设有数理教研室，农机化教研室和测量教研室。

一九五二年春，吉林水利专科学校的部分教师和学生并入，农田水利系则有本科一年、本科二年和水利专科的学生，教研室相益增加。

一九五五年暑假院校调整，农田水利系教师和学生被并入武汉水利学院。农机、测量、数理等教研室则分别隶属于农学、土化等各系。

一九五五年秋冬，根据高等教育部的指示，沈阳农学院应立即筹建农机系，以张季高教授为首的农机研究室承担起建系任务。当时，该教研室有教授一人，助教四人，见习助教二人，技工一人。

一九五六年暑假成立农机系，张季高教授任系主任，当时设有数学教研室、物理教研室、机械制图教研室、金属工艺学教研室和农业机械化教研室，并设有实习工厂，同年招收四年制本科生一百六十人，一九六零年毕业。

一九五七年随着人数和教学任务的增长，成立了力学教研室、拖拉机汽车教研室和农业机械教研室，撤去农业机械化教研室。

一九五八年暑假，全系的教师基本配齐，又成立了农机修理教研室和农机运用教研室。同年暑假，再次恢复农田水利系，佟一平讲师任系主任，同年招本科生三十人，于一九六三年春毕业，修业时间为四年半，一九五九年暑假开始招收五年制本科生。

为适应辽宁省农业机械化事业发展的需要，在沈阳农学院农机系的基础上组建了沈阳农学院农业机械化学院，该院于一九六零年四月十五日成立，梁秋任院长，同时设立沈阳农学院第二院办公室，处理该院的日常工作。

由于农机系是由高等教育部组建，本科生毕业后由国家统一分配（辽宁省设想全部留辽宁），故该院自行解体，成为沈阳农学院的农机系，一九六一年暑假，农机系开始招收五年制本科生，该届学生于一九六六年毕业，一九六三年初农机系与农田水利系合并成立农业工程系，系主任张季高教授，副主任臧镐、齐玉升同志，书记卢玉阁。

一九七零年二月下迁办学。农机系到辽宁省瓦房店，在沈阳农学院农机系、铁岭农机校与辽宁农机工业学校合并，组建辽宁农学院农机化分院。一九七三年九月开始招收工农兵学员，恢复教学工作。

一九七八年恢复沈阳农学院，原农机系的全部教职员工迁回沈阳东陵办学。齐玉升任系副主任主持工作，庞泰春任书记。此时水利系也从朝阳回迁沈阳东陵办学。

一九八四年四月两系（农机系、水利系）合并，成立农业工程系。鲁楠任系主任，副主任曹金阳、郑福庭、郝斌、李宝筏。书记海庆涛，副书记刘金福，办公室主任刘纯奎。

一九八九年换届。鲁楠任系主任。副主任：李宝筏、郝值斌、王启善，孟庆海（兼）。书记海庆涛。副书记刘金福、孟庆海。

一九九一年三月，成立沈阳农业大学农业工程学院。院长鲁楠，书记王启善，副院长李宝筏、郝斌、王启善（兼）、郝浩涛、孟庆海（兼），办公室主任张淑玲。

一九九三年换届选举。院长李宝筏、书记王启善，副院长苏振邦、高连兴、朴再林、王启善（兼）、肖盛安（兼），副书记肖盛安、贾淑梅，办公室主任张淑玲。

二零零一年换届选举。院长朴再林，书记肖盛安，副院长李成华、刘荣厚、程玉来，副书记于永双，办公室主任张淑玲。

二零零三年原农业工程学院机械系与能源环境工程系合并组建成立工程学院。